Phân vùng hành chính dưới đô đạo phủ huyện là thị định thôn, ngoài ra còn có các đơn vị như  quận, chi sảnh, khu, đặc khu … Căn cứ vào địa lý và nhân văn, đặc trưng kinh tế, Nhật Bản thường được chia thành 8 khu vực lớn, bao gồm: vùng Hokkaidō, vùng Đông Bắc, vùng Kantō, vùng Trung Bộ, vùng Kinki (còn gọi là vùng Kansai), vùng Chūgoku, vùng Shikoku và vùng Kyushu-Okinawa.

Mấy năm gần đây Nhật Bản thi hành chính sách sáp nhật thi đinh thôn số lượng đinh thôn đã giảm nhiều. Hiện nay để giảm bớt sự tập trung một cực của Tōkyō và tăng cường phân quyền địa phương, Nhật Bản đang nghiên cứu bỏ đô đạo phủ huyện, chuyển sang chế độ đạo châu . Năm 1968, Nhật Bản ban hành chế độ  mã số bưu chính đoàn thể công khai địa phương .Hiện thời đô đạo phủ huyện và các thị đinh thôn đều có mã số bưu chính của mình. Mã số bưu chính của đô đạo phủ huyện ăn khớp với tiêu chuẩn quốc tế ISO 31166-2:JP.